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表观遗传染色体修饰酶基因表达 PCR 芯片可用于研究与基因组 DNA 和调节染色体可塑性组蛋白修饰有关的 84 个关键基因的表达，这些基因包括已知的或推测的。维持甲基化的 DNA 甲基转移酶，负责 CpG 双核苷脱甲基酶，催化组蛋白乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化的酶以及去乙酰酶和去甲基化酶都在此芯片上。利用该芯片研究者即能够利用该芯片简单可靠地同时检测与表观遗传染色体修饰酶有关的基因表达。
DNA Methyltransferases: DNMT1, DNMT3A, DNMT3B.
Histone Acetyltransferase: ATF2, CDYL, CIITA, CSRP2BP, ESCO1, ESCO2, HAT1, KAT2A (GCN5L2), KAT2B (PCAF), KAT5 (HTATIP), KAT8, KAT7, KAT6A, KAT6B, NCOA1, NCOA3, NCOA6.
Histone Methyltransferases: CARM1 (PRMT4), DOT1L, EHMT2, MLL, MLL3, PRMT1, PRMT2, PRMT3, PRMT5, PRMT6, PRMT7, PRMT8, SETDB2, SMYD3, SUV39H1.
SET Domain Proteins (Histone Methyltransfesase Activity): ASH1L, MLL3, MLL5, NSD1, SETD1A, SETD1B, SETD2, SETD3, SETD4, SETD5, SETD6, SETD7, SETD8, SETDB1, SUV39H1, SUV420H1, WHSC1.
Histone Phosphorylation: AURKA, AURKB, AURKC, NEK6, PAK1, RPS6KA3, RPS6KA5.
Histone Ubiquitination: DZIP3, MYSM1, RNF2, RNF20, UBE2A, UBE2B, USP16, USP21, USP22.
DNA / Histone Demethylases: KDM1A, KDM5B, KDM5C, KDM4A, KDM4C, KDM6B, MBD2.
Histone Deacetylases: HDAC1, HDAC2, HDAC3, HDAC4, HDAC5, HDAC6, HDAC7, HDAC8, HDAC9, HDAC10, HDAC11.